Berdasarkan Peraturan Menteri Hukum dan HAM RI Nomor M.03-PR.07.10 Tahun 2005 Tanggal 7 Desember 2005 tentang Organisasi dan Tata Kerja Departemen Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia , susunan organisasi Direktorat Jenderal Pemasyarakatan terdiri dari :

1. Sekretariat Direktorat Jenderal;
2. Direktorat Bina Registrasi dan Statistik;
3. Direktorat Bina Perawatan;
4. Direktorat Bina Bimbingan Kemasyarakatan;
5. Direktorat Bina Latihan Kerja dan Produksi;
6. Direktorat Bina Keamanan dan Ketertiban;
7. Direktorat Bina Khusus Narkotika.