Sejak tahun 1905 mulai dibuat penjara sentral wilayah (gewestelijke centralen) bagi terpidana kerja paksa, agar terpidana kerja paksa dapat melakukan beserta jajarannya. Tercatat sebagai Kepala Urusan Kepenjaraan yang pertama adalah Gebels seorang sarjana hukum yang berjasa dalam membuat gebrakan-gebrakan baru dalam hal kepenjaraan.

    Pada masa ini sudah mulai diberlakukan sistem kamar bersama, yang bagi ahli penologi (ilmu kepenjaraan) sistem ini punya andil dalam menyuburkan terjadinya penularan kejahatan sehingga muncul istilah “school of crime” (sekolah kejahatan). Akibat lain adalah munculnya hukum rimba, siapa yang paling kuat, dia yang berkuasa.

Dan bukan rahasia lagi bila si jagoan ini melakukan aktifitas homoseksual terhadap mereka yang lebih lemah. Sepanjang hari, di dalam tembok setinggi empat setengah meter, para terpidana melakukan kerja paksa yang dikoordinasi layaknya seorang pekerja dalam sebuah perusahaan. Pekerjaan dilengkapi dengan seperangkat mesin, yang dikenal dengan istilah “perusahaan besar” (groote bedrijven/groot ambachtswerk). Sementara di tempat lain di luar penjara pusat, terpidana dalam tempat hukumannya di dalam lingkungan tembok di pusat penampungan.
Kebijakan baru ini terlaksana di bawah pimpinan Kepala Urusan Kepenjaraan (Hoofd van het Gevangeniswezen) tempat penampungan dipekerjakan dalam lingkup “perusahaan kecil” (klein ambachtwerk).

    Masa kolonial juga mencatat sebuah peristiwa yang terbilang kejam, kejadiannya menimpa seorang pemberontak Indonesia yang sudah menjadi incaran pemerintah kolonial. Suatu hari pemberontak ini tertangkap dan sebagai “shock therapy” bagi pemberontak lain, ia diberi hukuman yang tak berperikemanusiaan. Keempat anggota badannya (tangan dan kaki) masing-masing diikatkan pada kuda lalu ditarik oleh kuda tersebut dengan arah berlawanan. Anggota tubuh si pemberontak tercerai berai, peristiwa ini terkenal dengan peristiwa pecah kulit. Saat ini tempat peristiwa tersebut dijadikan nama jalan di Jakarta-Kota.

    Periode ini ditandai dengan lahirnya cikal bakal Kitab Undang-undang Hukum Pidana (KUHP), dimulai pada masa ini, yakni dengan lahirnya “Wetboek van strafrecht voor Nederlansch Indie” (Kitab Undang-undang Hukum Pidana untuk Hindia-Belanda). Ketentuan ini ditetapkan dengan Koninklijk Besluit pada tanggal 15 Oktober 1915 no. 33, dan mulai berlaku sejak tanggal 1 Januari 1918. Salah satu isi dari perundang- undangan ini adalah dihapuskannya istilah “pidana kerja” menjadi “pidana hilang kemerdekaan”.

Dengan adanya “Wetboek van strafrecht voor Nederlansch-Indie” ini maka tiada lagi perbedaan perlakuan antara orang Indonesia dan Timur Asing dengan orang-orang Eropa. Selang tiga tahun sesudah 1 Januari 1918, terjadi perubahan-perubahan mencolok dalam sistem kepenjaraan. Salah satunya adalah dihapuskannya sistem “Gewestelijke centralen”, dan diganti dengan sistem “Strafgevangenissen” (penjara sebagai sarana pelaksanaan pidana). Perubahan ini terjadi di bawah pimpinan Kepala Urusan Kepenjaraan Hindia-Belanda, Hijmans yang tercatat sebagai pembawa angin segar dalam sejarah perkembangan urusan kepenjaraan Hindia-Belanda.

    Salah satu gebrakan yang dilakukan oleh Hijmans adalah catatannya yang panjang lebar tentang perbaikan urusan kepenjaraan tertanggal 10 September 1921 kepada Direktur Justisi. Pria enerjik ini mengutarakan pandangannya tentang pandangan-pandangannya di bidang kepenjaraan, yang pada pokoknya berupaya untuk melakukan reformasi bagi terpidana. Perhatian terutama ditujukan kepada anak-anak terpidana dan klasifikasi terpidana dewasa. Menurutnya, sedikit kesempatan bagi terpidana untuk memperbaiki moral di dalam lingkungan pusat penampungan wilayah, sebaliknya “school of crime” akan memunculkan penjahat-panjahat baru, yang justru kian menjerumuskan terpidana menuju jurang kehancuran.

    Di bawah kepemimpinan Hijmans pula, Kepenjaraan Hindia-Belanda untuk pertama kali mengirimkan wakilnya ke Konggres Internasional Penitentiar kesembilan di London, pada Agustus 1925. Selain itu tiap tahun memberi sumbangan berupa uang sebanyak 500 Rupiah kepada sekretariat untuk anggaran pengeluaran negara dan urusan kepenjaraan.

Baru saja dimulai suatu keteraturan, suasana sontak berubah manakala terjadi pemberontakan besar-besaran dari bangsa Indonesia terhadap pemerintah penjajahan Belanda, pada bulan November 1926. Belanda menyebutnya sebagai “pemberontakan komunis”. Banyak putra Indonesia ditangkap dan dijebloskan ke dalam penjara, sehingga urusan kepenjaraan dihadapkan pada kondisi “overcrowding” (kepenuhan penjara). Hal ini menjadi sandungan bagi Hijmans yang tengah mencoba mengembangkan mutu kepenjaraan.

Suasana penjara menjadi tidak kondusif, sering terjadi huru-hara, sebut saja di Cipinang pada bulan Juli 1926, di mana para tahanan politik menyanyikan lagu kepahlawanan diikuti gerakan mogok makan. Beberapa penjara pun berubah fungsi menjadi tempat penampungan tahanan politik, misalnya penjara Pamekasan dan Ambarawa yang semula diperuntukkan bagi anak-anak, berubah fungsi untuk menampung tahanan politik. Demikian pula penjara Cipinang, Glodok, Boyolali, Solo, serta penjara kecil seperti di Banten, Madiun, dan lain-lain. Bahkan, khusus bagi tahanan politik didirikan penjara besi di Nusakambangan. Satu catatan lagi, satu hal yang sering terjadi adalah penyerangan terhadap pegawai-pegawai penjara.

    Kejadian lain yang mewarnai sejarah kepenjaraan di tanah air adalah penyerbuan terhadap rumah penjara Glodok pada 12 November 1926, sehingga mendorong didirikannya menara penjagaan untuk mengantisipasi terjadinya penyerangan. Inilah sejarah didirikannya menara penjagaan.

  Rentetan kejadian ini menjadi kendala besar bagi sistem kepenjaraan yang sesungguhnya tengah dirintis. Benang merah dari segala kejadian ini adalah menyiratkan betapa sulitnya posisi atau peran urusan kepenjaraan, yang dihadapkan pada dua kepentingan, seolah kepenjaraan akan selalu dihadapkan pada momentum yang sifatnya antagonistic antara harus berperikemanusiaan atau sebaliknya.

    Tentang kondisi ini, John Conrad seorang ahli penologi akhir abad ke-20 menyebutnya sebagai “irrational equilibrium”, suatu kondisi yang “uneasy compromise”.

    Menjelang masuknya pendudukan Jepang ke Indonesia, penjagaan di penjara-penjara, yang semula dipegang oleh militer diganti oleh tenaga pegawai kepenjaraan sipil. Pada periode ini tercatat beberapa peristiwa penting, antara lain;

1. Tahun 1921, penjara Madiun menyediakan tempat untuk anak-anak di bawah usia 19 tahun
2. Tahun 1925, didirikan penjara untuk anak-anak di bawah umur 20 tahun di Tanah Tinggi, dekat Tangerang. Serta didirikannya penjara untuk terpidana seumur hidup di Muntok dan Sragen.
3. Tahun 1927, di Pamekasan dan Ambarawa didirikan penjara anak-anak.

    Pada masa ini penjara-penjara memiliki kedudukan khusus:

• Penjara Sukamiskin untuk orang Eropa dan kalangan inetelktual
• Penjara Cipinang untuk terpidana kelas Satu
• Penjara Glodok untuk pidana psychopalen
• Penjara Sragen untuk pidana kelas satu (pidana seumur hidup)
• Penjara anak-anak di Tangerang
• Penjara anak-anak di Banyu Biru dan Ambarawa
• Penjara khas wanita di Bulu Tangerang

    Penjara Bantjeuj menjadi saksi salah satu sejarah besar, penjara yang terletak di tengah kota Bandung ini pada akhir tahun 1929 pernah dihuni oleh Presiden Pertama RI, Soekarno, bersama tiga orang PNI (Partai Nasional Indonesia) yang lain. Sel penjara yang ditempati Soekarno adalah sel nomor 5 di blok F, berupa ruangan seluas 2,5 x 1,5 meter, yang di dalamnya terdapat satu tempat tidur lipat dan sebuah toilet non-permanen. Satu-satunya penghubung dengan dunia luar adalah sebuah lubang kecil di pintu besi.

    Pada Mei 1930, Pengadilan Negeri memutuskan untuk memindahkan Soekarno, dkk ke penjara Sukamiskin, 15 kilometer dari Bandung. Kali ini Soekarno menempati sel nomor 233, berukuran 2 x 3 meter. Waktu masuk penghuninya dicukur gundul dan diberi pakaian penjara yang terbuat dari kain katun kasar. Hanya dua minggu sekali, sang istri, Inggit Ganarsih diperbolehkan menjenguk.